Ventana folclórica, hoy con Olga Cerpa & Mestisay (vídeo)

Desde el año 1988 Mestisay toma otra fisonomía, por ello se puede definir cómo la segunda etapa del colectivo, ya que, es año en el que se incorpora Olga Cerpa como solista y la formación inicial se reduce. El primer disco con ella como solista lleva el título Más al sur. El siguiente disco en 1989 será Canciones de las dos orillas, con la colaboración de Serenata Guayanesa, grabado durante su primera gira por Venezuela. En 1992 se publica El cantar viene de viejo. Este trabajo cuenta con las colaboraciones de Joan Manuel Serrat, Amancio Prada, Carlos Cano y Dacio Ferrera. En este trabajo Manuel González Ortega comienza a componer canciones para el grupo generando con ello un sonido nuevo que llevará al grupo al éxito. Uno de los éxitos del grupo llegará durante el año 1995 con el estreno del musical y el disco Querido Néstor. Este homenaje a Néstor Álamo bate récord de taquilla en Canarias. ​En 1996 con La Rosa de los vientos bajo la producción de Júlio Pereira y la colaboración de Hijas del Sol popularizarán canciones como Sulema o la homónima La Rosa de los vientos” Comienzan a combinar la grabación de discos con la producción de espectáculos propios. En 1997 estrenan "Mujeres" con la participación de Cristina Almeida, Fabiola Socas y Luisa Machado.

Algunos miembros del grupo se mudan a Madrid. En la capital de España graban Viento de la Isla  en (1998), el disco homónimo Mestisay en 2001 y Canciones del sur en 2003. En este último versionan temas de Carlos Varela, Carlos Cano o Pablo Milanés. En el espectáculo del mismo se recitan monólogos y textos de Eduardo Galeano, Pedro Lezcano o Nicolás Guillén junto a obras de Manuel González Ortega. Este espectáculo hace que Mestisay viaje por diferentes países durante los siguientes años realizando una primera gira en Estados Unidos. En 2004 estrenan Poeta en la Isla en homenaje a Pedro Lezcano Montalvo, con el reestreno del Romance del Corredera en versión sinfónica y la edición de un disco acompañado de libro sobre el poeta y su obra.  ​En 2005 celebran los 25 años de la fundación del colectivo. Este aniversario lo celebran con el espectáculo Toda una vida, que será grabado en directo y editado.  A finales de 2006 presentan el musical Querido Néstor II.  En 2007 estrenan el espectáculo Romántico, que llevan por más de veinte teatros y auditorios de España, y El cabaret del capitán Varela, en homenaje a la radio de los años 50.

En 2008 estrenan Pequeño fado y otras canciones de amor y ese año homenajean al timplista Totoyo Millares con el espectáculo La Leyenda del timple. Posteriormente editan un libro escrito por Manuel González y un DVD sobre el timplista. En 2009 viajan a Copenhague (Dinamarca) para participar en el festival WOMEX y al año siguiente participan en el Sete Soles, Sete Luas en Portugal e Italia.​En 2011 realizan una segunda gira por Estados Unidos además de una gira con la cantante de Cabo Verde Nancy Vieira dentro del Archipiélago canario. ​En 2011 presentan el álbum Atlántico Radio, con la participación de Germán López al timple.21​Entre otros de los colaboradores de este trabajo están Nancy Vieira (Cabo Verde) y Luis Morera de Taburiente.

En 2014 estrenan En Busca de Valentina junto al grupo Taburiente.​En 2015 organizan un encuentro con diferentes músicos de las Islas para celebrar el 125 aniversario del nacimiento de Valentina Hernández. Posteriormente viajarán a Argentina y Puerto Rico en una gira promocional tras la nominación de Olga Cerpa al Grammy Latino.

En 2015 el disco Estación Lisboa saldrá a la luz. Colaboran en él los cantantes portugueses de fado Ricardo Ribeiro y Helder Moutinho.​Con este trabajo actúan en Nueva York dentro de la nueva gira que realizan por Estados Unidos. En 2016 estrenan el espectáculo Vereda tropical con la trompetista holandesa Maite Hontelé.

También ese año estrenan Morera Sinfónico, un homenaje a Luis Morera. ​En 2017 vuelven a Estados Unidos y actúan en Nueva Orleans y Nueva York. También ese año organizan una serie de conciertos en Canarias con Olga Cerpa y Omara Portuondo  y realizan presentaciones en Buenos Aires (Argentina) y  Montevideo. En 2017 presentan el disco Jallos  con el que en mayo de 2018 reciben el Premio al Mejor Disco del año en los Premios Canarios de la Música. ​ El grupo vuelve a Estados Unidos y se presenta en noviembre de 2018 en el Atrium del Lincoln Center de Nueva York y en el Old Town School of Folk de Chicago por primera vez. En el presente año 2023 regresan a Urugay.